Trước năm 1895, khu vực mà nay là tỉnh Gorno-Badakhshan bao gồm một số tiểu quốc bán tự trị khác nhau, như Darwaz, Shughnun-Rushan và Wakhan, họ cai trị những vùng lãnh thổ mà nay là một phần của tỉnh Gorno-Badakhshan tại Tajikistan và tỉnh Badakhshan tại Afghanistan. Khu vực này từng là nơi Trung Quốc cùng với đế quốc Nga và Tiểu vương quốc Afghanistan tuyên bố chủ quyền. Thế lực cai trị Trung Quốc lúc bấy giờ là Nhà Thanh đã tuyên bố kiểm soát toàn bộ dãy núi Pamir,[2] song quân Thanh chỉ kiểm soát được các đèo ở ngay phía đông của trấn Tashkurgan. Trong thập niên 1890, các chính quyền Trung Quốc, Nga và Afghanistan đã ký một loạt các thỏa thuận mà trong đó đã phân chia Badakhshan, song Trung Quốc tiếp tục tranh cãi về vấn đề biên giới cho đến khi một hiệp định biên giới được ký kết vào năm 2002 giữa họ và chính phủ Tajikistan.[3]

Tỉnh tự trị Gorno-Badakhshan được thành lập vào tháng 1 năm 1925. Tỉnh gắn liền với CHXHCN Xô viết Tajikistan sau khi nước cộng hòa này được thành lập vào năm 1929. Trong thập niên 1950, các cư dân bản địa của Gorno-Badakhshan, bao gồm nhiều người Pamir, đã bị cưỡng bức di dời đến tây nam Tajikistan. Gorno-Badakhshan tiếp nhận một số lãnh thổ của tỉnh Gharm khi vùng lãnh thổ này bị giải thể vào năm 1955.

Khi nội chiến nổ ra tại Tajikistan vào năm 1992, chính quyền địa phương tại Gorno-Badakhshan đã tuyên bố độc lập khỏi Cộng hòa Tajikistan. Trong nội chiến, nhiều người Pamir đã trở thành mục tiêu của các nhóm kình địch và Gorno-Badakhshan trở thành một thành trì của hoạt động chống đối. Sau đó, chính quyền Gorno-Badakhshan từ bỏ lời tuyên bố độc lập. Gorno-Badakhshan vẫn là một tỉnh tự trị bên trong thành phần của Tajikistan.[4]

Năm 2012, khu vực đã chứng kiến một loạt các cuộc đụng độ giữa quân đội Tajikistan và các chiến binh trung thành với cựu quân phiệt Tolib Ayombekov sau khi người này bị buộc tội giết chết một Thiếu tướng Uỷ ban an ninh quốc gia Abdullo Nazarov.[5]